Le Musée peut prêter des spécimens d'histoire naturelle à des chercheurs et à des établissements reconnus, qui veulent les étudier ou les exposer. ll peut également considérer des demandes spéciales visant à emprunter des spécimens ou des objets à d'autres fins. L’étude des spécimens au Musée même est également possible.
Le Musée canadien de la nature fournit des services d'identification taxonomique en s'appuyant sur ses vastes collections d'histoire naturelle et sur ses compétences d'expert.
L'importante collection d'ostéologie du Musée peut servir de référence pour l'identification des ossements de vertébrés. Les entreprises privées peuvent la consulter moyennant certains frais.
Le Musée offre une gamme complète de services de consultation et de conservation. Ces services comprennent la surveillance environnementale, la conception et la construction de supports pour les spécimens, ainsi que l'évaluation des risques qui menacent les collections et l’attribution d’un niveau de risque tolérable pour chacune. Les spécialistes mèneront aussi des recherches sur l'oxydation des pyrites, sur les collections conservées dans des solutions de préservation et sur les effets de l'humidité relative.
Le Centre de recherches sur la gestion et la conservation des collections offre un service de planification stratégique de la gestion des collections. Les services-conseils comprennent l'aide à la décision sur les niveaux de risque devant être attribués aux collections et sur les investissements destinés à modifier les profils des collections.